Le grand prévôt est responsable, en premier lieu, des enquêtes sur les plaintes pour inconduite de la police militaire. Normalement, ces enquêtes sont la responsabilité du grand prévôt adjoint (Normes professionnelles).
Le grand prévôt doit aviser la Commission de toute nouvelle plainte, et la Commission surveille le traitement que réserve le grand prévôt à chacune des plaintes. À tout moment au cours de l'enquête, la Commission peut, si le président est d'avis que le dossier relève de l'intérêt public, assumer la responsabilité entière de l'enquête sur une plainte pour inconduite.
Le plaignant peut demander à la Commission de réviser la plainte et d'étudier le traitement que lui a réservé le grand prévôt. Cette révision de la part de la Commission constitue le plus souvent une nouvelle enquête sur la plainte, selon une toute nouvelle perspective.
La révision indépendante de la Commission peut confirmer les conclusions de l'enquête d'origine ou dévoiler de nouveaux faits, de même qu'offrir des recommandations pour un règlement efficace et équitable de la plainte.
La Commission peut également recommander des changements aux politiques ou aux procédures de la police militaire afin de prévenir ou d'éviter des situations semblables à l'avenir.
Toute personne, y compris un civil, peut déposer une plainte pour inconduite d'un policier militaire. On favorise le règlement officieux des plaintes.

La Commission surveille le processus et peut, dans l'intérêt public, assumer la responsabilité de l'enquête ou exiger une audience publique.

S'il est insatisfait des conclusions de l'enquête du grand prévôt, un plaignant peut demander à la Commission de réviser la plainte.

Au minimum, ce processus implique un examen de la documentation liée à l'enquête du grand prévôt. Il peut également comprendre des entrevues avec le plaignant, la personne faisant l'objet de la plainte et des témoins, de même que la
révision de la législation pertinente et des politiques et procédures de la police militaire.

Selon la nature de la plainte, ce rapport est transmis à un ou plusieurs cadres supérieurs des Forces canadiennes ou du ministère de la Défense nationale.

L'avis d'action, qui est la réponse officielle au rapport intérimaire, décrit l'action, le cas échéant, entreprise ou prévue à la suite des recommandations de la Commission.

Après avoir étudié l'avis d'action, la Commission présente un compte rendu final de ses conclusions et recommandations. Des copies du rapport final sont transmises, entres autres, au plaignant et à la personne faisant l'objet de la plainte.
La Commission n'exerce son pouvoir de prendre en main une plainte pour inconduite que si le président de la Commission est d'avis qu'il est dans l'intérêt du public de procéder ainsi.
En exerçant son droit de discrétion qui lui est conféré par la Loi, le président pèse un certain nombre de facteurs, dont les suivants, entre autres :
En 2006, par exemple, il a largement été question dans la presse canadienne de plusieurs membres des Forces canadiennes reconnus pour leur service exemplaire comme tireurs d'élite en Afghanistan, mais qui ont fait par la suite l'objet de mesures administratives et d'une longue enquête de la part de la police militaire.
À la demande du chef d'état-major de la Défense, le traitement des tireurs d'élite a fait l'objet d'une enquête de la part de l'ombudsman des Forces canadiennes. Sans aucun mandat lui permettant de faire enquête sur les mesures de la police militaire, l'ombudsman a indiqué que ce volet de la plainte devrait passer par le processus des plaintes concernant la police militaire. La Commission a reçu par la suite une plainte pour inconduite.
Puisque les plaintes n'ont jamais été réglées en plus de trois ans et vu la participation du chef d'état-major de la Défense et de l'ombudsman et l'attention qu'a suscitée ce dossier dans la presse, le président était d'avis – plutôt que de demander au grand prévôt de faire enquête dans ce dossier – qu'il serait dans l'intérêt de toutes les parties concernées, y compris du public canadien, que la Commission assume la responsabilité de l'enquête sur la plainte pour inconduite de la police militaire.